Wraz z założeniem miasto otrzymało własny kościół, choć przez długie wieki nie spełniał on funkcji parafialnego, bowiem przynależna ona była kościołowi komorowskiemu.
Pierwsza wolsztyńska świątynia, o której wiadomości pisane pochodzą z I połowy XV wieku, stała w miejscu obecnej Fary w centrum średniowiecznego układu, miasta. Odsunięta w stosunku do pierzei rynkowych, w kierunku południowo-zachodnim, była drewniana, obszerna, wysoka i zdobiona malaturami. Konsekracji tej świątyni dokonał 4 kwietnia 1443 roku biskup Andrzej z Bnina, na prośbę ówczesnego właściciela Wolsztyna Jakuba z Sepna, nadając jej wezwanie Zwiastowania Najświętszej Maryi Panny.
Ten pierwszy miejski kościół bardzo ucierpiał w wyniku licznych pożarów, nawiedzających Wolsztyn w latach 1469, 1611, 1634 i pomimo dokonywanych bieżących napraw stan budowli tak się pogarszał z roku na rok, aż doszło do tego, że wizytujący w 1756 roku kościoły diecezji poznańskiej biskup Czartoryski, kazał go rozebrać. Nabożeństwa miały być odprawiane w kościele komorowskim. Rozbiórki wolsztyńskiej świątyni dokonano w 1760 roku. Fakt ten skłonił ówczesnego dziedzica Wolsztyna Rafała Gajewskiego do powzięcia zamiaru wzniesienia nowego Kościoła. Przystąpiono więc do zbiórek pieniężnych a zgromadzone fundusze umożliwiły rozpoczęcie budowy w siedem lat od chwili rozbiórki poprzedniego kościoła. We wrześniu 1767 roku położono kamień węgielny pod nową budowlę. Poświęcenia dokonał oberski opat Jan Nepomucen Bystram.
Prawdopodobnie pod kierownictwem Antoniego Hoene (1745-1795) wzniesiono monumentalny, barokowy, halowy i trójnawowy kościół założony na rzucie prostokąta. Do jednonawowego prezbiterium przylegały, z dwóch stron, zakrystia i skarbiec - pomieszczenia z emporami umieszczonymi w poziomie drugiej kondygnacji. Podczas tej budowy wnętrze kościoła zostało sklepione kopułami, które pokryto freskami. Malarstwo to zasługuje na szczególną uwagę zarówno pod względem formy jak i zawartej treści. Autorem malatur był polski malarz Jan Byszkowski działający za czasów króla Stanisława Augusta Poniatowskiego w Warszawie, uczeń włoskiego malarza Tombariego, współpracownik tak znanych artystów ówczesnej epoki jak Brenna i Belott. Prace nad freskami wolsztyńskimi ukończono w 1778 roku (sygnatura autora). Malarstwo to noszące wyraźne znamiona sztuki włoskiej, przeznaczone do oglądania ze znacznej odległości, malowane z wielką brawurą o stonowanej "gobelinowej" kolorystyce, z postaciami w strojach rokokowych a także kontuszach, jest cennym przykładem XVIII-to wiecznego malarstwa iluzjonistycznego. Na szczególną jednak uwagę zasługuje treść przedstawień. Ten jednolity traktat teologiczny o złożonej ikonografii zrodził przekonanie, że w doborze tematów musiała brać udział osoba duchowna. Wydaje się bardzo prawdopodobnym iż był nią ks. Franciszek Bębnowski.
Kompozycje w nawie głównej to: dziesięć chórów anielskich, adoracja Baranka Bożego, sceny z raju, Narodzenie Chrystusa, personifikacja władzy świeckiej i duchownej. W nawie lewej widzimy: św. Rocha, cud w Kanie Galilejskiej, Mojżesza podwyższającego miedzianego węża na pustyni, zaś w nawie prawej oglądamy: źródło tryskające na pustyni za cudownym działaniem laski Mojżesza, archanioła Rafała z Tobiaszem, sen Jakuba oraz św. Annę.
Zewnętrzna dekoracja wolsztyńskiego kościoła była skromna. Dominantę stanowiła wysoka wieża i szczyt chóru utrzymany w formie barokowej. Cała budowla nosiła wyraźne znamiona sztuki włoskiej. W opisanym stanie kościół przetrwał do 1810 roku, kiedy to w czasie kolejnego ogromnego pożaru miasta, spaliła się wieża świątyni. Następne zwieńczenie wieży , określane jako bardzo brzydkie, wykonano dopiero po dwudziestu latach w 1831 roku za pieniądze uzyskane z rozbiórki kościoła parafialnego w Komorowie.
Od tego czasu kościół wolsztyński zaczął pełnić funkcję parafialnego oraz głównego kościoła miasta czyli fary. W czasach następnych w farze wykonywano jedynie drobne naprawy. Dopiero w 1925 roku ówczesny proboszcz ks. Zdzisław Zakrzewski polecił dokonać w architekturze budowli poważnych zmian. Kościół otrzymał nową zakrystię, dostępną z przejścia za ołtarzem głównym, oraz kruchtę. Stara zakrystia i skarbiec utraciły swoje dawne przeznaczenie a otworzone na prezbiterium za pomocą łuków, stanowią dziś pseudokaplice z umieszczonymi w nich ołtarzami. Przebudowy dokonał Stanisław Wróblewski z Poznania.
Najciemniejszym okresem w dziejach wolsztyńskiej fary były lata okupacji hitlerowskiej (1939-1945), kiedy to księży wywieziono do obozów koncentracyjnych zaś w kościele osadzono niemieckich franciszkanów z zakonu poznańskiego. Po zakończeniu działań wojennych II wojny światowej, już w 1945 roku do Wolsztyna przybyli ks. Antoni Gryczka i ks. Teodor Lerch, obaj niezwykle zasłużeni w późniejszych dziejach parafii.
W roku 1948 przeprowadzono w farze prace remontowe, zaś ich ukończenie połączono z uroczystym odsłonięciem obrazu Matki Bożej Wolsztyńskiej umieszczonym w odnowionym ołtarzu głównym. W roku 1970, w związku z wprowadzeniem nowej liturgii, wykonano i poświęcono nowy ołtarz. W roku 1974 rozpoczęto układanie marmurowej posadzki, zaś w 1977 roku ukończono naprawę wieży wraz z pokryciem jej blachą cynkową. Ówczesny hełm posiadał kształt stożkowy. Prace te wykonywał zakład blacharski Mariana Nowickiego a stosowny dokument umieszczono w hełmie wieży. Odnowione wnętrze zostało poświęcone w1980 roku przez biskupa Stanisława Napierałę.
W latach 80-tych XX wieku postanowiono przywrócić wieży jej pierwotny kształt (kopuła z latarnią) według projektu arch. Stanisława Siedlarka. Nowe zwieńczenie składające się z kondygnacji pośredniej, kopuły przechodzącej w latarnię i hełmu, wyższe od poprzedniego o 20 metrów, przywróciło wieży jej dawny wspaniały wygląd. Ostatni poważny remont został zainicjowany przez obecnego proboszcza ks. Piotra Pawła Markiewicza Zakres prac obejmował skucie starych i położenie nowych tynków na całym kościele łącznie z wieżą, odnowienie sztukaterii i rzeźb, wymianę blacharki, naprawę konstrukcji i nowe pokrycie dachu dachówką. Plac wokół kościoła został pokryty kostką granitową. Obecnie trwają przygotowania do malowania wnętrza Fary.
W roku Wielkiego Jubileuszu 2000 była "Kościołem Jubileuszowym" nawidzanym licznie przez pielgrzymów z dekanatu wolsztyńskiego i zbąszyńskiego.